В 9784 году, в период существования содружества систем, ницшеанцы восстали против него, стремясь избавиться от контроля и установить свои законы. Так началась война, результаты которой должны были изменить мир. Чтобы не допустить победы врага, встречи с их флотом ожидал крейсер содружества Созвездие Андромеды под командованием капитана Дилана Ханта, который был известен своим мастерством военного руководства. Однако, самый мощный корабль, когда-либо созданный людьми, попал в ловушку ницшеанского флота. Капитан Хант решил не рисковать жизнями своего экипажа и приказал им покинуть заточенное судно. В то время Андромеду и ее капитана поглотила временная аномалия на границе чёрной дыры, расположенной в системе Гефеста. Вскоре содружество систем было повержено, но ницшеанская империя так и не возникла. От этого момента вселенная окуталась тьмой и хаосом, который получил название Долгая ночь. Прошло 303 года, прежде чем корабль Эврика Мару под командованием Беки Валентайн смог извлечь из орбиты чёрной дыры когда-то могущественный корабль содружества. Для всех обитателей вселенной прошло 303 года, тогда как для Дилана Ханта прошло всего лишь мгновение. Вместе с членами экипажа Эврики Мару капитан Хант взялся за миссию по восстановлению содружества систем, полностью осознавая, что этот путь к его цели будет долгим и сложным.