Десятиклассник Кайто Даймон - типичный гений с хулиганским нравом. Его интересуют не школьные успехи, а только загадки и головоломки. Кайто сам бы не пошел в школу, если бы не его подруга детства, спортивная и энергичная Ноноха Ито, которая берет на себя всю заботу о нем. Но школа, в которую они ходят, также странная: полна любителей головоломок, и президент школьного совета и клуба головоломок, Соджи Дзикукава, смог задать даймону действительно сложную задачу. Соджи, будучи коварным, отправил парня в смертельный лабиринт, который Кайто смог пройти только благодаря помощи Нонохи. В результате он получил контракт Орфея - устройство, которое позволяет использовать потенциал мозга под названием Фи Брэйн. Теперь Кайто - один из немногих избранных, способных противостоять загадкам всемирной тайной организации, которая постоянно придумывает новые неразрешимые головоломки. Под псевдонимом Эйнштейн и вместе с верной Нонохой, главный герой начинает жизнь в новой среде, где не признают пустых слов и высокомерных авторитетов. Он должен заслужить свое место в иерархии решателей и доказать свою ценность, разгадывая все новые задачи, приближаясь к мистерии Бога. Зачем все это нужно директору школы и зловещей тайной организации? Это остается самой главной загадкой сериала!